Von 1990 bis 1996 war er im zentralen Kommunikationsbereich der Deutschen Telekom AG für Fotografie verantwortlich. Er wurde 1994 in die Deutsche Gesellschaft für Photographie (DGPh) berufen und war dort von 2002 bis 2022 in verschiedenen Funktionen Mitglied des Vorstands. Seit 2007 unterrichtet er Bildjournalismus an der Hochschule Magdeburg und von 2013 bis 2021 Geschichte der Fotografie an der Hochschule Hannover. 

In den letzten Jahren hat er diverse Foto-Ausstellungen kuratiert, unter anderem von Will McBride, Letizia Battaglia und dem zweifachen Pulitzerpreisträger Horst Faas, dessen Nachlass er seit 2012 auch betreut. Ebert lebt in Hilden und arbeitet inzwischen vornehmlich als Autor und Dozent. Dabei bilden historische Themen, wie die Geschichte der Bildmanipulation und der Kriegsfotografie, insbesondere des Vietnamkrieges, einen Schwerpunkt. 2022 hat er im Hildener Wilhelm-Fabry-Museum eine vielbeachtete Ausstellung über das legendäre Foto vom „Napalm-Mädchen“ präsentiert. Michael Ebert war und ist Mitglied in zahlreichen Jurys und Gremien, wie dem Beirat des Forums Anja Niedringhaus (FAN), das dem Leben der 2014 in Afghanistan ermordeten Kriegsfotografien gewidmet ist. Für das 2023 in Höxter eröffnete Museum hat er auch das kuratorische Konzept entwickelt.