Nach seinem Studium an der Musikhochschule Köln in den Disziplinen Gitarre, Gesang und Jazzarrangement leitete Jürgen Haufer eine Musikschule mit dem Ziel einer systematischen musikalischen Ausbildung auch für Erwachsene. Dem künstlerischen Studium schloss sich ein musikpädagogisches Lehramtsstudium und das Referendariat an der Domsingschule in Köln an.

Es folgte eine zweijährige Phase als hauptamtlicher Mitarbeiter am Seminar für Musik und ihre Didaktik der Universität zu Köln und der Erstellung einer Multimedia CD-ROM zum Thema Klassenmusizieren. Zur Zeit arbeitet Jürgen Haufer als Fachleiter in der Musiklehrerausbildung an den Zentren für schulpraktische Lehrerausbildung in Bonn, Engelskirchen und Siegburg.

Außerdem ist er als Coach zahlreicher Ensembles (Mondays, Toscana Connexion, Coconut Groove) tätig. Ein Schwerpunkt seiner gesangspädagogischen Arbeit ist die Integration von Körperklängen (Bodypercussion) und Stimmgeräuschen (Vocussion) in die Chorarbeit. So entwickelte er in diesem Sinne zahlreiche Arrangements und Turnarounds für Warmup-Phasen. Außerdem integriert er Möglichkeiten des Live-Arrangements und der Improvisation in die Chor-Arbeit. Neben den musikpädagogischen Aktivitäten wirkt er als Gitarrist und Sänger in Live- und Studioproduktion mit.

2015 gründete er zusammen mit Lisa Charlotte Müller, Blanca Nunez und Michael Romm das Vokal-Ensemble Âmago.